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發表於 2023-12-21 17:10:44 | 顯示全部樓層 |閱讀模式
这两个序列之间的二级结构截然不同,前者大多是单链(容易在红环区域降解),而后者大多是双链。我们的算法只需 分钟即可完成此优化。 ,语言学(左)和生物学(右)之间的类比,其中确定性有限状态自动机 和前者的格解析被用来解决 设计。 (受 词格 启发)对所有候选 进行紧凑编码,并通过格解析同时折叠以找到最佳 (图 )。 , 设计空间的二维可视化, 轴为稳定性, 轴为密码子最优性。标准 设计方法密码子优化改善了密码子使用(粉色箭头),但无法探索广阔的高稳定性区域(虚线左侧), 的 疫苗产品就是例证(○ 、 ☆ 和 ▷ 。

相比之下 联合优化了稳定性和密码子最优性(蓝色曲线,其中 λ 是后者的权重)。通过考虑其他因素,我们选择了七种设计(此处显示了四种)用于 疫苗实验(图 ),这些设计显示出半衰期和蛋白质表达显着增强,并且与密码子优化相比,抗体反应多达 种基线。水痘 电话号码列表 状疱疹病毒 疫苗(针对不同抗原和不同 )的实验显示出类似的改进(图 ),证实了 的普遍性。 图片 图 生成的编码 蛋白的 序列的实验评估。 ,与密码子优化基线相比,我们的 设计的化学稳定性、蛋白质表达及其在诱导抗刺突 中的免疫原性总结。



的非变性琼脂糖凝胶表征,显示凝胶迁移率与最小自由能的相关性;有关凝胶源数据,请参见补充图 。 , 在缓冲液中孵育后 的化学稳定性。显示了完整 的百分比。数据来自三个独立实验。 ,转染至 细胞后 小时通过流式细胞术测定的 的蛋白质表达水平。显示了来自三个独立实验的平均荧光强度 值。对 组进行 方差分析 和 多重比较检验进行统计分析。例如, 小鼠 每隔 周用两剂配制的 进行肌内免疫。抗刺突 的终点滴度 。抗宽型 的中和抗体水平 。通过 测量的 γ 分泌 细胞的频率 。使用双尾 检验进行统计分析。

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